
<HTML dir=ltr><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=unicode">

<META content="MSHTML 6.00.6000.16414" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY>

<DIV><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Hello, </FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I am a grad student and have only been recently been introduced to Chimera. I have a quick question which I hope, someone will be able to assist me with.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>I am looking at a pdb protein, 2NEF which is composed of 40 NMR structures. I was able to isolate one of the chains and was wondering if</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT> </DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>a. It is possible to change part of the sequence on the chain (from AAAA to EEEE for instance).</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>b. Is it possible to then use the changed sequence (B) to morph it against the original 3d sequence (A)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>c. Is it possible to align the changed fragment of B with the original A</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>d. Could the changed sequence (B) be saved for future use or does one have to go through the process of creating it each time it is used on CHIMERA?</FONT></DIV>

<DIV> </DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>thanks much</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>pat</FONT></DIV>

<DIV> </DIV>

<DIV> </DIV></BODY></HTML>