
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7234.20">

<TITLE>rmsd and display queries</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hello,<BR>

<BR>

1) Basically i hav three conformations (only 3 pdb) of the same molecule picked up from three different regions of a simulated trajectory.<BR>

I hv to calculte rmsd and superimpose structure. I tried the emsemble match but it seems that it can work on only two conformation.<BR>

Kindly suggest me how i can overcome this.<BR>

<BR>

2) Is it possible to create a substructure (subset) of a molecule and do rmsd calcutn and superimposing only on the substructures for<BR>

the conformations i have.<BR>

<BR>

<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>