<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">

<head>
<meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name=Generator content="Microsoft Word 11 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {color:purple;
        text-decoration:underline;}
code
        {font-family:"Courier New";}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-compose;
        font-family:Arial;
        color:windowtext;}
@page Section1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style>

</head>

<body lang=EN-US link=blue vlink=purple>

<div class=Section1>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Hello everybody,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>I am a very inexperienced new user of Linux / cygwin and
having problems in installing DMS and Chimera:<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>1. I am trying to install DMS but having problems with
specifying correctly the pathway to the appropriate locations of the BINDIR and
LIBDIR directories in the GNUmakefile. I am getting a message: “Cannot
create directory… not such file or directory”.  I have tried
it both on Linux enterprise 4 and on Windows using cygwin.  My pathway
includes spaces, i.e: /cygdrive/c/Documents and Settings/User Name/Desktop/dms/bin  
Can anyone please tell me how exactly I should enter the pathway (I think the
spaces cause the problem but not sure)? <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>2. I am having problems running the </span></font><code><font
size=2 face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt'>chimera-installer.exe</span></font></code>.<font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'> file of
Chimera on Linux.  When I double-clicked on it, it tells me that I cannot
execute the file, so as suggested in the instructions (<a
href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2304/linux.html">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/1.2304/linux.html</a>)
I typed </span></font><font size=2 face="Courier New"><span style='font-size:
10.0pt;font-family:"Courier New"'>chmod +x ‘filename’</span></font><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'> .  When
I checked the properties of the file after </span></font><font size=2
face="Courier New"><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Courier New"'>chmod</span></font><font
size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;font-family:Arial'>, the box of
‘execute’ was checked (so I believe that I really changed the file’s
permissions). However, I am still getting the same error message when I double-click
it.  Does anyone know what am I doing wrong? <o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Please consider my lack of experience in UNIX terminology if
you try to answer one of my questions,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'><o:p> </o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Thanks a lot,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 face=Arial><span style='font-size:10.0pt;
font-family:Arial'>Ben<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</body>

</html>