
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.69">

<TITLE>viewing grid density</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Hello all,<BR>

<BR>

1) I hve generated a solvent density map using Amber8 in XPLOR format. I am able to open the map in chimera. I hv also generated a refernce pdb file. Now i have to fix the reference structure of my molecule in the density map. I tried many options but i couldnt do that. Someone pls suggest me how i should do the same.<BR>

<BR>

2) Also i am not clear with the meaning of the threshold levels given in the histogram. Although i could see the difference in the density map by sliding the vertical bar to various postions, i am getting what it can tell us exactly. Which is the most suitable threhold level etc.<BR>

<BR>

3) Someone pls give me the link for the chimera mail list archive...i am unable to locate it.<BR>

<BR>

Bala<BR>

</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>