Hi,<br>     Not sure if this went the first time, so sending it again:<br><br>-----------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>    I have been using Chimera to generate the Connolly surface
for several different proteins and saving the surface information in
X3D format. I was wondering what algorithms are used in the Connolly
surface generation. Is it the same approach that Michael Connolly had
come up with in his 1983 paper on Analytical Molecular Surface
Calculation, or is it a variation of that algorithm? <br>    Also, when the surface information is saved by Chimera in X3D, it
breaks the surface into triangular faces. I noticed that the 
coordinates of the points comprising the triangles are completely
different from the atomic coordinates. I am interested in learning more
about how the triangulation is created.
<br>    If you could direct me to a link or paper that would help me
better understand the algorithms involved in these two processes, that
would be great!<br><br>Thanks.<br>Sincerely,<br><span class="sg">Nihshanka</span>