Hi,<br>    I have been using Chimera to generate the Connolly surface for several different proteins and saving the surface information in X3D format. I was wondering what algorithms are used in the Connolly surface generation. Is it the same approach that Michael Connolly had come up with in his 1983 paper on Analytical Molecular Surface Calculation, or is it a variation of his algorithm? 
<br>    Also, when the surface information is saved by Chimera, it breaks the surface into triangular faces. I noticed that the  coordinates of the points comprising the triangles are completely different from the atomic coordinates. I am interested in learning more about how Chimera creates the triangulation.
<br>    If you could direct me to a link or paper that would help me better understand the algorithms involved in these two processes, that would be great!<br><br>Thanks,<br>Nihshanka<br>