<HTML><BODY style="word-wrap: break-word; -khtml-nbsp-mode: space; -khtml-line-break: after-white-space; ">Hi Grant,<DIV>    The editing facilities in Multalign Viewer are somewhat basic and could stand improvement (e.g. undo would be nice).  You can only move a region in a certain direction if there is a gap somewhere ahead of the region that can be removed and placed behind the moving region.  MAV won't increase the length of your alignment (by placing an all-gap column on the end) in order to allow the motion [this is mentioned in the docs].</DIV><DIV>    A workaround is to save your alignment to a file and edit the file to add the all-gap columns necessary to allow your motion.  I would suggest FASTA or PIR formats, since those are the simplest to change.  Of course, at that point you may be able to make all the changes you want with a text editor and just cut MAV out of the loop -- it would depend on what you're doing.</DIV><DIV><BR class="khtml-block-placeholder"></DIV><DIV>--Eric</DIV><DIV><BR><DIV> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                        </SPAN>Eric Pettersen</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                        </SPAN>UCSF Computer Graphics Lab</FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                        </SPAN><A href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</A></FONT></P> <P style="margin: 0.0px 0.0px 0.0px 0.0px"><FONT face="Helvetica" size="5" style="font: 16.0px Helvetica"><SPAN class="Apple-converted-space">                        </SPAN><A href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</A></FONT></P> <BR class="Apple-interchange-newline"> </DIV><BR><DIV><DIV>On Oct 27, 2005, at 4:09 AM, Grant Jacobs wrote:</DIV><BR class="Apple-interchange-newline"><BLOCKQUOTE type="cite"><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">While the help notes for the alignment editor says that gaps can be<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">created, I can't see how! Surely I'm missing something...</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Selecting a residue or set of residues to create a region, then<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">applying ctrl-left-arrow (or right arrow) yields an error complaining<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">of a lack of gaps in the region ("No gap available in <seq name>").<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">This makes me think that regions can only be moved if they are<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">already bounded by gaps. Which in turn leaves me stumped as how to<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">create the initial gaps manually...!</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">What I had expected was for it to insert new gaps to the let of the<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">region if applying ctrl-right-arrow to a region and vice versa for<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">using ctrl-left-arrow.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">I'm using 2.180 on Mac OS X 10.4.2</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Grant</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">--<SPAN class="Apple-converted-space"> </SPAN></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">-------------------------------------------------------------------</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Grant Jacobs Ph.D. <SPAN class="Apple-converted-space">                                    </SPAN>BioinfoTools</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">ph. +64 3 478 0095<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>(office, after 10am) <SPAN class="Apple-converted-space">              </SPAN>PO Box 6129,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">or<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>+64 27 601 5917 (mobile) <SPAN class="Apple-converted-space">                              </SPAN>Dunedin,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:gjacobs@bioinfotools.com">gjacobs@bioinfotools.com</A> <SPAN class="Apple-converted-space">                              </SPAN>NEW ZEALAND.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space">    </SPAN>Bioinformatics tools: deriving knowledge from biological data</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Bioinformatics tools - software development - consulting - training</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>15 years experience in bioinformatics ready to solve your problem</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Check out the website for more details: <A href="http://www.bioinfotools.com">http://www.bioinfotools.com</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; min-height: 14px; "><BR></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">The information contained in this mail message is<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>confidential and</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">may be legally privileged.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>Readers of this message who are not the</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">intended recipient are hereby notified that any use, dissemination,</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">distribution or reproduction of this message is prohibited.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>If you</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">have received this message in error please notify the sender immed-</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">iately and destroy the original message.<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>This applies also to<SPAN class="Apple-converted-space">  </SPAN>any</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">attached documents.</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">_______________________________________________</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; ">Chimera-users mailing list</DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="mailto:Chimera-users@cgl.ucsf.edu">Chimera-users@cgl.ucsf.edu</A></DIV><DIV style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><A href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users">http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-users</A></DIV> <BR class="Apple-interchange-newline"></BLOCKQUOTE></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>