<DIV>Dear Sir</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>Thank you so much for your kind reply. Yes definitely, the chimera users would grately benifit from the option of coloring the ribbon diagram accoridng to any required parameter..</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>thank you so much</DIV>
<DIV> </DIV>
<DIV>regards</DIV>
<DIV>amutha<BR><BR><B><I>Eric Pettersen <pett@cgl.ucsf.edu></I></B> wrote:</DIV>
<BLOCKQUOTE class=replbq style="PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; BORDER-LEFT: #1010ff 2px solid"><BR>On Monday, December 15, 2003, at 08:57 AM, amutha ramaswamy wrote:<BR><BR>> Dear sir<BR>>  <BR>> I am using the Chimera molecular visualising software. I am not able <BR>> to color the PDB structure according to the B-factors. could you plase <BR>> let me know how do i color accroding to the bfactor.<BR>>  <BR>> i would greatly apprecuate your help in this regard<BR><BR>Dear Amutha,<BR>We just got a question very similar to yours on the list a few days <BR>ago. I should say that we are working on an interface to allow <BR>coloring of ribbons/atoms/surfaces by any attribute, using any number <BR>colors in either a continuous spectrum, or as discrete "color bars". <BR>The interface isn't ready yet and will not be ready for the snapshot <BR>release that will be out in a few days. We hope it will be ready for <BR>the release after that. Until th!
 en, you
 can use typed-in commands to <BR>color by B-factor in discrete ranges, as described in the part of the <BR>previous mail that I've quoted below.<BR><BR>Eric Pettersen<BR>UCSF Computer Graphics Lab<BR>pett@cgl.ucsf.edu<BR>http://www.cgl.ucsf.edu<BR><BR>> To color a structure so that B factors less than 10 are shown as <BR>> green, between 10 and 20 as yellow, and over 20 as red, do:<BR>><BR>> color green<BR>> color yellow @/bfactor>10<BR>> color red @/bfactor>20<BR>><BR>> Obviously, use whatever numerical cutoffs and colors you want. There <BR>> is a discussion of the the atom/residue/model attributes you can use <BR>> in commands at <BR>> http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/ <BR>> atom_spec.html#descriptors .</BLOCKQUOTE><BR><BR><DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Dr Amutha Ramaswamy</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Postdoctoral Fellow, </FONT></EM></STRONG><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Department of Biomedical Informatics</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>3184 Graves Hall, </FONT></EM></STRONG><STRONG><EM><FONT color=#407f00>333 West 10th Avenue</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>The Ohio state University, </FONT></EM></STRONG><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Columbus, OHIO 43210</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Phone: 614-688-3236 (Office); </FONT></EM></STRONG><STRONG><EM><FONT color=#407f00>614-291-0071(Residence)</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV><STRONG><EM><FONT color=#407f00>Fax:    614-292-7659 (Office)</FONT></EM></STRONG></DIV>
<DIV><FONT color=#6000bf></FONT> </DIV>
<DIV> </DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV></DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://pa.yahoo.com/*http://us.rd.yahoo.com/evt=21260/*http://photos.yahoo.com">New Yahoo! Photos - easier uploading and sharing</a>