<html xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=Windows-1252">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 15 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:"Cambria Math";
        panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        font-size:11.0pt;
        font-family:"Calibri",sans-serif;}
span.EmailStyle19
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri",sans-serif;
        color:windowtext;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style>
</head>
<body lang="EN-US" link="#0563C1" vlink="#954F72" style="word-wrap:break-word">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal">Thank you! I’ll keep in mind the other email address.<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal">Regards,<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">Divita<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-size:12.0pt;color:black">From:
</span></b><span style="font-size:12.0pt;color:black">Elaine Meng <meng@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Date: </b>Saturday, January 9, 2021 at 11:26 AM<br>
<b>To: </b>Divita Mathur <dmathur4@gmu.edu><br>
<b>Cc: </b>Chimera Dev <chimera-dev@cgl.ucsf.edu><br>
<b>Subject: </b>Re: [chimera-dev] Building custom nucleotides<o:p></o:p></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">Hi Divita,<br>
A few answers between your questions below.<br>
<br>
> On Jan 8, 2021, at 4:10 PM, Divita Mathur <dmathur4@gmu.edu> wrote:<br>
> <br>
> Hi Eric<br>
>  <br>
> I see, not a problem. Instead of script I have used the Modify structure and change one hydrogen at a time to add the next atom by selecting the correct number of bonds and shape (linear/trigonal/tetrahedral). Is that another acceptable way of doing it?<br>
<br>
That is the only way, if you are using Chimera.  Eric was suggesting a way to do exactly the same Chimera functions with code instead, since you asked on the programming mailing list (chimera-dev), but the method is the same.  For future reference, if you just
 want to ask non-programming questions about Chimera, the better e-mail address is chimera-users@cgl.ucsf.edu<br>
>  <br>
> Have you considered adding other nucleic acids in the alphabet available in Chimera? Such as PNA or LNA? I have built them from scratch and then used “Minimize Structure” for achieving the reasonable bond angle/lengths.<br>
<br>
No, we have not been planning to add other nucleotides, especially not any with different backbones like PNA (peptide nucleic acids) and LNA (locked nucleic acids).<br>
<br>
> Thanks,<br>
> Divita<br>
>  <br>
Best,<br>
Elaine<br>
----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
UCSF Chimera(X) team<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> From: Eric Pettersen <pett@cgl.ucsf.edu><br>
> Date: Friday, January 8, 2021 at 4:49 PM<br>
> To: Divita Mathur <dmathur4@gmu.edu><br>
> Cc: chimera-dev@cgl.ucsf.edu <chimera-dev@cgl.ucsf.edu><br>
> Subject: Re: [chimera-dev] Building custom nucleotides<br>
> <br>
> Hi Divita,<br>
> While theoretically possible via some precise and difficult tinkering with data files in BuildStructure as well as it's placeNucleotide() routine, I wouldn't recommend that approach -- it's just too hard and too much work.<br>
> What I would recommend instead is to add your modified Ts as regular Ts and afterward select the atoms where the modification occurs and use a custom Python script to make the modification.  The script would loop through chimera.selection.currentAtoms() and
 use chimera.molEdit.addDihedralAtom(new_atom_name, element, from_atom, dihed2_atom, dihed3_atom, bond_dist, angle, dihedral, bonded=True) to add the modification atom by atom.  Let me know if you need more guidance than this.<br>
>  <br>
> --Eric<br>
>  <br>
> Eric Pettersen<br>
> UCSF Computer Graphics Lab<br>
>  <br>
> On Jan 8, 2021, at 11:41 AM, Divita Mathur <dmathur4@gmu.edu> wrote:<br>
>  <br>
> Hello!<br>
>  <br>
> I am using the Build structure to create DNA duplexes with ATGC bases. However, I want to insert Ts that are slightly modified. I can go in and modify each T but I was wondering if I can make a modified-T “template” , assign it a new letter (say X) and then
 use it in the Build structure function. The backbone and base pairing rules of the new T would be the same.<br>
>  <br>
> For example, I want to create a T that has an amino linker…<br>
>  <br>
> Regards,<br>
> Divita<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>