<div dir="ltr">Dear sir/mam<div>I am using the AMBER module in Chimera. I just want to know that when we minimize energy of a protein structure using AMBER in chimera then is it done in vacuum or in solvent. I also googled it but did not find a satisfactory answer. Please help me.<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div> <b><font color="#0000ff">_ _</font>  </b></div><div><br></div><div><font color="#0000ff">Best regards,</font></div></div><div><font color="#0000ff"><br></font></div><div><font color="#0000ff">Bhanu sharma</font></div><div><font color="#0000ff"><br><br></font></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>