<div dir="ltr">Dear Chimera development team,<div><br></div><div>My lab is interested in developing (or extending) a new version of the hkcage command in cages.py to include the different icosahedral lattices that have been recently discovered and have important implications for viral structures (see Twarock and Luque, Nature Communications, 2019). We would like to receive advice on what would be the best approach to help integrate the tool to be used and shared with the Chimera community. Would it be better to extend hkcage? Generate a new function? Integrate the function in cages.py? Generate a different python script?</div><div><br></div>My lab (<a href="https://www.luquelab.com/">https://www.luquelab.com/</a>) is part of the Viral Information Institute at San Diego State University (<a href="https://viralization.org/">https://viralization.org/</a>) and recently discovered, in collaboration with Prof. Reidun Twarock (The University of York), a new set of icosahedral lattices that describe previously uncharacterized viral capsid structures (<a href="https://www.nature.com/articles/s41467-019-12367-3">https://www.nature.com/articles/s41467-019-12367-3</a>). My lab's goal is to develop a tool in Chimera that reflects these new geometries and helps us analyze viral capsids and other complexes with icosahedral symmetry. We would also like to facilitate the scientific community to use this tool in Chimera. This project will be developed as part of an NSF award.<div><br></div><div>Please let us know the best way to proceed.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Toni<br><div><br></div><div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136);font-size:12.8px">Antoni Luque, PhD</div><div dir="ltr" style="color:rgb(136,136,136);font-size:12.8px"><a href="http://luquelab.com/" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">http://luquelab.com</a><br><div>Assistant Professor</div><div>Department of Mathematics and Statistics</div><div>Viral Information Institute</div><div>San Diego State University</div><div><br></div><div>Office: GMCS 514</div><div>Phone: 619 594 7244</div><div>email: <a href="mailto:aluque@sdsu.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">aluque@sdsu.edu</a></div></div></div></div></div></div></div></div></div>