<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hello!<div><br></div><div>My name is Benjamin Looker, I am a chemistry graduate student at Cornell University, and our group often uses Chimera to visualize the orbitals output from the DFT software ORCA. </div><div><br></div><div>When these .cube files are opened in Chimera, the two phases of the wavefunction surface are given different colors and bars in the volume viewer. </div><div><br></div><div>My question is, when using an alias command, how would one set the level and color of only one of these phases, ie: to perform actions on only one of the bars and colors, instead of homogenizing the whole function?</div><div><br></div><div>An alias such as:</div><div><div>alias ^orbitals volume all level 0.05 color #2d2d00000b0b style surface</div></div><div><br></div><div>Is great, but that pesky "all" undermines the point of the operation. I have tried referencing model numbers, such as #0, #1, and #2 instead of "all," but Chimera returns an error. I do not know the label of the object that I am trying to affect. </div><div><br></div><div>Any help would be greatly appreciated!</div><div><br></div><div>Best, </div><div>-- <br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">Benjamin G. Looker<div>Graduate Student </div><div>Lancaster Group</div><div><br></div><div><img src="https://as.cornell.edu/sites/as/files/cu-insignia.png" width="96" height="96"><img src="http://chemistry.cornell.edu/sites/chem/files/Chemistry-and-chemical-biology.png"><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>