<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace,monospace;font-size:small;color:rgb(68,68,68)"><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">Hello Eric, </font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">The 1,2, 3 and 4 points are correct. In 5, there is something wrong; we don't open the old pdb, it's already open from the start.</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">We tried to apply the transform:</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">pdb_model.openState.xform * map.openState.xform.inverse()</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">Without succes results. Do we have to premultiply pdb xform with map inverse xform?</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">When we  move the pdb to the fittings positions, we do something similar to what "Transform coordinates" in the "Movement" menu does (<a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/browser/trunk/libs/MoleculeTransform/gui.py" target="_blank">http://plato.cgl.ucsf.edu/<wbr>trac/<span class="gmail-il">chimera</span>/browser/trunk/<wbr>libs/MoleculeTransform/gui.py</a>)<wbr>: </font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">- Reset: get the applied_xform inverse from the old pdb, transform atom coordinates with pdb atoms and this xform and record xform*. (similar to "Transform coordinates" Reset)</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">- Move to center of mass: get euler xform with (0, 0, 0) euler angles and old pdb center coordinates, transform atom coordinates with old pdb atoms and this xform and record xform*.</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">- For each solution, get euler xform with euler angles of the solution and solution fitting coordinates, transform atom coordinates with old pdb atoms and this xform and record xform*</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">- *Record xform is similar to "Transform coordinates" record xform.</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">Maybe we have wrong concepts at the time we are trying to move the molecule in this advanced situation (remember that the basic situation without moving is working fine)</font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace"><br></font></div><div class="gmail_default" style="color:rgb(34,34,34);font-family:arial,sans-serif;font-size:12.8px"><font color="#444444" face="monospace, monospace">Thank you so much for your help. Kind regards!</font></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-05-03 0:51 GMT+02:00 Eric Pettersen <span dir="ltr"><<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><span class=""><br><div><blockquote type="cite"><div>On May 2, 2017, at 3:50 PM, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</div><br class="m_-4648275668886521545Apple-interchange-newline"><div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px">so to get the old PDB to the fitted position, you would need to replace its openState.xform with:</div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><br></div><div style="font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;text-align:start;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><span class="m_-4648275668886521545Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap"> </span>fitted_xform * pdb_model_when_saved.<wbr>openState.xform * map_when_saved.openState.xform</div></div></blockquote><br></div></span><div>forgot to add the “.inverse()” to the end of that…</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>—Eric</div><div><br></div><br></font></span></div></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr">

<p></p>
<p><font size="1" face="tahoma, sans-serif" color="#38761d"><b><u>Pablo Solar Rodríguez</u></b></font></p><font size="1" face="tahoma, sans-serif" color="#0b5394"><b><div><a href="mailto:pablosolar.r@gmail.com" style="font-weight:normal" target="_blank"><b>pablosolar.r@gmail.com</b></a><br></div></b></font><div><div>
<p><br></p></div></div></div></div></div></div>
</div>