<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I am trying to open the same pdb file twice and apply mm command on the chains. </div><div><br></div><div style="">The following script loops through the files in the folder so i open the same pdb twice:</div><div style=""><br></div><div><div>#!/bin/bash</div><div><br></div><div>for file in `ls tmp_d2`</div><div>do</div><div><br></div><div>chimera --nogui --silent tmp_d2/$file tmp_d2/$file tmp_d2/$file tmp_d2/$file chim.cmd > test_A.pdb</div><div>mv test_A.pdb temper/$file</div><div>echo "$file"</div><div><br></div><div>done</div><div><br></div><div>File "chim.cmd" has the following:</div><div><div>mm #0:.A:.B #1:.B:.A pair ss</div><div>measure rotation #0 #1</div></div><div><br></div><div>I get the following error:</div><div><div>1c9o_1.pdb</div><div>Error while sourcing chim.cmd, line 1:</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>"measure rotation #0 #1"</div><div><br></div><div>Rotation angle is near zero (0 degrees)</div><div><br></div></div><div style="">I should be getting an angle of 180 degrees because they are all dimers. I have two versions of chimera on my system 1.7 and 1.11.2, does that make a difference?</div><div style=""><br></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr">Thank you.<div><br></div><div>Regards,</div><div>Kavya Shankar</div></div></div></div>
</div></div>