
<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /></head><body style='font-size: 10pt; font-family: Helvetica,Arial,sans-serif'>

<p> </p>

<div><span style="font-size: 10pt; font-family: tahoma, arial, helvetica, sans-serif;"></span><span style="font-size: 10pt; font-family: tahoma, arial, helvetica, sans-serif;"><code><span class="pun">Hello again dear mates!<br /><br />I've been working those days in my extension and the GUI es almost finished. Now I want to fill this skeleton with the process logic. To understand between us, I have an external compiled program that is executed in shell this way:<br /><br />./bin/myProgram ./dir1/pdbselected.pdb ./dir/mapselected.ccp4 arg3 arg3 arg4<br /><br />And for sure, in my .py test, it has to be executed as:<br /><br />import subprocess<br />subprocess.call(["./Users/Solar/Desktop/parent/child1/child2/bin/myProgram",<br /> "/Users/Solar/Desktop/parent/child1/child2/dir1/pdbselected.pdb", "/Users/Solar/Desktop/parent/child1/child2/dir1/mapselected.ccp4", "arg3", "arg4", "arg5"])<br /><br />The problem is to execute this in Chimera as an extension. The coding I made for the PDB and the Map it's similar to the FitMap tool (in Volume Data), where I use:<br /><br />...<br /># PDB<br />from chimera import Molecule<br /> mlist = [m for m in fit_object_models() if isinstance(m, Molecule)]<br /> fstart = mlist[0] if mlist else None<br /> from chimera.widgets import ModelOptionMenu<br /> om = ModelOptionMenu(ff, labelpos = 'w', label_text = 'Fit ',<br /> initialitem = fstart,<br /> listFunc = fit_object_models,<br /> sortFunc = compare_fit_objects,<br /> command = self.object_chosen_cb)<br /> om.grid(row = 0, column = 0, sticky = 'w')<br /> self.object_menu = om<br /><br /># Map<br /> fm = Volume_Menu(ff, ' in map ')<br /> fm.frame.grid(row = 0, column = 1, sticky = 'w')<br /> self.map_menu = fm<br />--<br /><br />The question is, how can I pass the PDB to the compiled program as it is expected? Or, another possible solution, the paths of the PDB and the Map loaded in Chimera? I didn't found any friendly doc (methods, info and so on) about this and and I'm a mess :/<br /><br />Thank you in advance dear coworkers!<br /><br />Pablo<br /></span></code></span></div>

<div><span style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 10pt;"> </span></div>

</body></html>