<div dir="ltr">Thank you, Elaine!</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Nov 7, 2016 at 12:50 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu" target="_blank">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Kavya,<br>
From<br>
<<a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/ContributedSoftware/structuremeas/structuremeas.html#planes" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/<wbr>chimera/docs/<wbr>ContributedSoftware/<wbr>structuremeas/structuremeas.<wbr>html#planes</a>>:<br>
<br>
"Eigenvectors/values are calculated from the atomic coordinates after subtracting the position of their non-mass-weighted centroid. The plane is anchored at the centroid and aligned with the first two eigenvectors (the third eigenvector is normal to the plane)."<br>
<br>
Only the atoms you have selected are used in the calculation.  I hope this helps,<br>
Elaine<br>
----------<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
<br>
<br>
> On Nov 7, 2016, at 9:39 AM, Kavya Shankar <<a href="mailto:kavshank@umail.iu.edu">kavshank@umail.iu.edu</a>> wrote:<br>
><br>
> Hi,<br>
><br>
> My thesis is on protein symmetry and I have been using the chimera's "Axes/Plane/Centroid" feature a lot. May I know what algorithm is being used in order to get the plane?<br>
><br>
> Thanks.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Kavya Shankar<br>
<br>
</blockquote></div><br></div>