<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I have to find the normal of the protein and I am writing a python script that can do this. But when I run it, the normal is different. On chimera, I select <b>chain A</b> and <b>chain B</b> to get the plane.</div><div><br></div><div><div>import chimera</div><div>import os</div><div>from cStringIO import StringIO</div><div>from StructMeasure import centroid</div><div>from StructMeasure import plane</div><div>from chimera import numpyArrayFromAtoms</div><div><br></div><div>for filename in os.listdir("test_python1"):</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>print filename<span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>model1 = chimera.openModels.open('test_python1/'+filename)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>mol1 = model1[0]</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>p = plane(numpyArrayFromAtoms(mol1.atoms))</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>print p.normal</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>axis = chimera.Vector(p.normal)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>angle = 120</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>xf = chimera.Xform.rotation(axis,angle)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>#matrix = chimera.Xform.getOpenGLMatrix(xf)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>mol1.openState.localXform(xf)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>mem =StringIO()</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>chimera.pdbWrite(model1,chimera.Xform.identity(),mem)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>words=filename.split('_')</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>with open('test_python1/'+words[0]+'_2.pdb','w') as f:</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">         </span>f.write(mem.getvalue())</div></div><div><br></div><div>Can you tell me where I am going wrong? For some proteins, it gives me the right plane and for others its different.</div><div><br></div><div>Ex:</div><div><div>1l9q_1.pdb</div><div>Opening 1l9q_1.pdb...</div><div>#3, chain A: Cu-NIR</div><div><br></div><div>#3, chain B: Cu-NIR</div><div><br></div><div>#3, chain C: Cu-NIR</div><div><br></div><div>0.98101 0.0805021 0.176463</div><div><br></div></div><div>and</div><div><br></div><div><div>Model #0 is 1l9q.pdb</div><div><br></div><div>Distance information</div><div><br></div><div>Angles/Torsions</div><div><br></div><div>Axes</div><div>axis name, length, center, direction</div><div><br></div><div>Planes</div><div>plane name, center, normal, radius</div><div>plane: ( 19.690,  39.732,  48.459) (-0.981, -0.081, -0.176) 46.305</div><div><br></div><div>Centroids</div><div>centroid name, center</div><div>centroid: ( 19.690,  39.732,  48.459)</div></div><div><br></div><div style="">Thanks.</div><div style=""><br></div><div style="">Regards,</div><div style="">Kavya Shankar</div><div><br></div></div>