<div dir="ltr">Hi, <div><br></div><div>I am new to chimera and I am attempting to write a python script that would rotate the models by some angle and then writing it to another pdb file with changed coordinates.</div><div><br></div><div><div>import chimera</div><div>import os</div><div>from cStringIO import StringIO</div><div><br></div><div>for filename in os.listdir("test_python"):</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>print filename</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>model = chimera.openModels.open('test_python/'+filename)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>mol = model[0]</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>axis = chimera.Vector(1,1,1)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>angle = 180</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>xf = chimera.Xform.rotation(axis,angle)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>matrix = chimera.Xform.getOpenGLMatrix(xf)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>print mol.openState.xform</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>mol.openState.localXform(xf)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>print mol.openState.xform</div><div><br></div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>mem =StringIO()</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>chimera.pdbWrite(model,mol.openState.xform,mem)</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>print mol.openState.xform</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">      </span>with open('converted.pdb','w') as f:</div><div><span class="gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre">           </span>f.write(mem.getvalue())</div><div><br></div></div><div style="">This is my code so far. When I run it, the converted.pdb file does not contain any changed coordinates. The coordinates of the atoms are same as before.</div><div style=""><br></div><div style="">Am I making some mistake? Is there any other way of doing this easily?</div><div style=""><br></div><div style="">Thanks.</div><div style=""><br></div><div style="">Regards,</div><div style="">Kavya Shankar</div></div>