<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    Wow, thanks a lot to Eric and Elaine for such a useful advice!<br>
    Best wishes,<br>
    Xavier<br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 1/8/14 8:28 PM, Eric Pettersen
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:0F561D71-C2AD-45AF-8F9D-034ECFF8C5DB@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Hi Xavier,
      <div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre"> </span>In
        addition to Elaine's neon suggestion, if when you save an image
        you change the rendering from "Chimera" to "POV-Ray" then any
        dashed or dotted lines will be converted into equivalent
        cylinders and spheres in the POV-Ray image.  I've attached an
        image that shows how a distance looks.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>--Eric</div>
      <div><br>
        <div>                        Eric Pettersen<br>
                                  UCSF Computer Graphics Lab<br>
                                  <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
          <br>
        </div>
        <div><img id="08f9086b-cc20-498e-b225-ca9a8ffeb2a2"
            apple-width="yes" apple-height="yes"
            src="cid:part2.02020304.04010704@ibmb.csic.es" height="762"
            width="952"></div>
        <br>
        <div>
          <div>On Aug 1, 2014, at 10:13 AM, Elaine Meng <<a
              moz-do-not-send="true" href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>>
            wrote:</div>
          <br class="Apple-interchange-newline">
          <blockquote type="cite">Dear Xavier,<br>
            Thanks for your kind words!<br>
            <br>
            Unfortunately I can’t report any progress in this area.  We
            did add a “spring” style, but other than manually
            calculating coordinates of small spheres and cylinders and
            then creating them with command “shape”, my only other idea
            for showing dashed lines as 3D objects via Chimera is to use
            the “neon” command (not available on Windows).  It has many
            options and you can even control the lighting, but it is
            noninteractive and the parameters are mainly specified by
            parameter files neon.dat and conic.dat.  It can be quite
            labor-intensive (iterative) to get what you want.  Also, it
            does not include text labels, ribbons, or molecular
            surfaces: just spheres, ball-and-stick, sticks, and backbone
            “tubes.”  I attach an image of the Chimera window and an
            image made with the command:<br>
            <br>
            neon -o neon.tiff -c conic.dat<br>
            <br>
            with parameter files conic.dat and neon.dat both in the
            current Chimera working directory.<br>
            <<a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/neon.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/neon.html</a>><br>
            <<a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/neon1.html">http://www.rbvi.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/neon1.html</a>><br>
            <br>
            Sorry I don’t have a better answer,<br>
            Elaine<br>
            -----<br>
            Elaine C. Meng, Ph.D.                       <br>
            UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
            Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
            University of California, San Francisco<br>
            <br>
            <span><neon.dat></span><span><conic.dat></span><br>
            Chimera window:<br>
            <span><chimera.png></span><br>
            <br>
            neon.tiff using the settings in neon.dat and conic.dat<br>
            <span><neon.tiff></span><br>
            On Aug 1, 2014, at 6:51 AM, F.Xavier Gomis-Rüth <<a
              moz-do-not-send="true" href="mailto:xgrcri@ibmb.csic.es">xgrcri@ibmb.csic.es</a>>
            wrote:<br>
            <br>
            <blockquote type="cite">Dear CHIMERA team,<br>
              I moved from SETOR to CHIMERA for preparing nice protein
              structure images for publication already some<br>
              time ago and am totally happy. Thre is, however, one
              single feature that was possible in SETOR but I still miss<br>
              in CHIMERA: to draw pseudobonds as dashed sticks or small
              spheres. Is it be really not possible to implement<br>
              this nuisance? I known Elaine negatively answered a
              similar question some time ago within the BB but I would<br>
              herewith strike a blow for it again.<br>
              Best wishes and thanks for maintaining and devloping such
              a fantastic program,<br>
              Xavier<br>
              -- <br>
              <fxgr_signanew.jpg><br>
            </blockquote>
            <br>
            _______________________________________________<br>
            Chimera-dev mailing list<br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br>
            <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev">http://plato.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a><br>
          </blockquote>
        </div>
        <br>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <div class="moz-signature">-- <br>
      <img src="cid:part8.08040802.09080105@ibmb.csic.es" border="0"></div>
  </body>
</html>