<div dir="ltr"><div><div><div>Dear all, <br><br></div>I am working with some chemically modified residues. For consistency with MMTK, I have to move non-natural atoms in the ATOM list of the pdb. I would like to do that directly from chimera and not editing the pdbfile. <br>
<br></div><div> I thought that I could alter the heteroatom value of chimera's residues to get there. But whether this is not the right attribute  or I miss something. <br><br></div><div>What I do is:<br></div><div>build my system, select the atoms of the non-natural and  natural part of the residue. Make a new residue and then, having selected it:<br>
</div><div>atoms=chimera.selection.currentAtoms()<br></div><div>for a in atoms:<br></div><div>     a.residue.isHet=False<br><br></div><div>This indeed changes the isHet attribute but when saving the pdb, the residue is in the  HETATM field. <br>
<br></div><div>Any pointer?<br><br></div><div>Best,<br></div><div>JD<br><br></div><div><br></div><div><br><br></div></div><div><div><div><div><div><div><div><div dir="ltr"><div>****************************</div><div>Dr. Jean-Didier Maréchal</div>
<div>Associate Professor</div><div>The Computational Biotechnological Chemistry Team</div><div>Departament de Química<br></div><div>Universitat Autònoma de Barcelona</div><div>Edifici C.n.</div><div>08193 Cerdanyola (Barcelona)</div>
<div>Tel: +34.935814936</div><div>e-mail: <a href="mailto:JeanDidier.Marechal@uab.es" target="_blank">JeanDidier.Marechal@uab.es</a></div><div>www: <a href="http://asklipio.qf.uab.es" target="_blank">http://g</a><a href="http://ent.uab.es/jdidier" target="_blank">ent.uab.cat/jdidier</a></div>
</div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>