<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Chimera Team,<br><br></div>I am working on my own Chimera Extension. After succesful installation of BioPython using Chimera's Python copy, I've encountered another BioPython - related problem, that is also related to the numpy library.<br>

<br></div>I'm trying to import something from the BioPython library, and BioPython is trying to import from numpy. I recieve a following error:<br><br><span style="font-family:courier new,monospace">RuntimeError: module compiled against API version 8 but this version of numpy is 7<br>

<br>...<br><br>  File "/home/mateusz/pyry4.4/Modules/Trans/ComponentRepresentation.py", line 6, in <module><br>    from Bio.PDB                            import PDBParser, PDBIO, NeighborSearch<br>  File "/home/mateusz/.local/UCSF-Chimera64-1.8.1/lib/python2.7/site-packages/Bio/PDB/NeighborSearch.py", line 10, in <module><br>

    from Bio.KDTree import KDTree<br>  File "/home/mateusz/.local/UCSF-Chimera64-1.8.1/lib/python2.7/site-packages/Bio/KDTree/__init__.py", line 10, in <module><br>    from KDTree import KDTree<br>  File "/home/mateusz/.local/UCSF-Chimera64-1.8.1/lib/python2.7/site-packages/Bio/KDTree/KDTree.py", line 20, in <module><br>

    from Bio.KDTree import _CKDTree<br><type 'exceptions.ImportError'>: numpy.core.multiarray failed to import</span><br><br></div>I tried to install numpy the same way I installed BioPython (using Chimera's Python copy), but this does not solve the problem. I also tried to import numpy.core.multiarray directly in Chimera's IDLE and it did import.<br>

<br></div><div>I'm using Chimera 1.8.1 on Ubuntu 12.10 (64 - bit).<br></div><div><br></div>Is there anything I can do to make it work?<br><br></div>Best wishes,<br>Mateusz<br></div>