<div dir="ltr">Hi Eric,<div><br></div><div style>Thank you very much for your help.  My data is happily loading away. :)</div><div style><br></div><div style>I have two more questions regarding loading:</div><div style>1. My trajectory can contain multiple models (i.e. multiple proteins, not just protein + ligand).  How do I specify that?</div>

<div style>2. My data is actually coming from a streaming source where the other end of the stream could add molecules or change the structure.  I know how to catch that message, but how would I tell Chimera that the structure had changed and I need to re-do all the models and residue counts and names and such (all the stuff from the GetDict() call)?</div>

<div style><br></div><div style>thank you!</div><div style>-denny-</div><div style><br></div><div style><br></div><div style><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, May 20, 2013 at 10:18 PM, Eric Pettersen <span dir="ltr"><<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu" target="_blank">pett@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Denny,<br>
        Hardly a newbie question!  Anyway, there actually is documentation for adding a format at the end of the MD Movie help page:<br>
<br>
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#newformats" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/current/docs/ContributedSoftware/movie/movie.html#newformats</a><br>
<br>
You should read that and see how far it gets you.  Feel free to send any questions here or directly to me -- that will help me determine where the documentation needs more detail.<br>
        BTW, you were certainly on the right track in that you need to add a folder to Trajectories/formats that supports your format.  Though unless your format is based on DCD files, Gromacs is probably a better example to look at than Charmm.<br>


        Anyway, like I said, don't be shy with the questions!<br>
<br>
--Eric<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
                        Eric Pettersen<br>
                        UCSF Computer Graphics Lab<br>
                        <a href="http://www.cgl.ucsf.edu" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>
</font></span><div class="im HOEnZb"><br>
On May 17, 2013, at 9:37 PM, Dennis N Bromley <<a href="mailto:dbromley@uw.edu">dbromley@uw.edu</a>> wrote:<br>
<br>
</div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> Hi,<br>
><br>
> I apologize if this is a newbie question - I've searched for material but didn't seem to find any answers.<br>
><br>
> I would like to write a plugin that allows chimera to parse up my own trajectory format.  I would like it to be seekable rather than loading the whole shebang into memory at once.  Is there an example trajectory parser out there or maybe someone could point me in the right direction?  I saw charmm.py, which might be a good place to start, but I am not sure of which bits I need to replicate.  Any pointers on a good place to begin looking would be very appreciated.<br>


><br>
> thank you!<br>
> -denny-<br>
><br>
><br>
><br>
</div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5">> _______________________________________________<br>
> Chimera-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br>
> <a href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev" target="_blank">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a><br>
<br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>