Dear Chimera team,<br><br>I've encountered a problem with atom.anisoU. Since class Atom is implemented in C++, and I don't have the technical sophistication or nerve to build chimera from scratch after the dire warning, [<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/sourcecode.html">1</a>] I seek council. <br>
<br>I'm using PDB ANISOU to store orientation information from a coarse grained model. Using PDB MODEL and PDB ENDMDL I output trajectory information. PDB atom coordinates and aniso change with each frame in the trajectory.<br>
<br>When visualizing a coordSet in the trajectory, atom.coord() updates as expected...<br># m1 is a model with ANISO information<br>>>> m1.activeCoordSet = m1.coordSets[2]<br>>>> m1.atoms[1].coord()<br>chimera.Point(-0.268, 0.002, 0.08) <b># <~~~ As expected from PDB file</b><br>
>>> m1.activeCoordSet = m1.coordSets[10]<br>
>>> m1.atoms[1].coord()<br>
chimera.Point(0.012, -0.276, -0.043) <b># <~~~ Changes as expected from PDB file</b><br><br>However, atom.anisoU does not update as expected [<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2012-February/007246.html">2</a>, <a href="http://plato.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2008-December/003377.html">3</a>]. It is always the PDB ANISO information from the last model (last MD trajectory) in the file...<br>
>>> m1.activeCoordSet = m1.coordSets[2]<br>
>>> m1.atoms[1].anisoU <b># <~~~ ANISO for last model in PDB file, not model 2</b><br>
array([[ 0.0296,  0.0182,  0.0201],<br>
       [ 0.0182,  0.0844, -0.0055],<br>
       [ 0.0201, -0.0055,  0.1258]], dtype=float32)<br>
>>> m1.activeCoordSet = m1.coordSets[10]<br>

>>> m1.atoms[1].anisoU <b># <~~~ Again, ANISO for last model in PDB file, not model 10</b><br>
array([[ 0.0296,  0.0182,  0.0201],<br>
       [ 0.0182,  0.0844, -0.0055],<br>
       [ 0.0201, -0.0055,  0.1258]], dtype=float32)<br><br>The result is visualizations with proper coordinates (update properly for each frame in trajectory) but inaccurate ellipsoids (ANISO does not update; fixed as last frame / last model).<br>
<br><b>Work around 1 (Failed):</b><br>Since <i>aniso</i> takes spec atom-spec as an input, I tried specifying a model and position in trajectory. Unfortunately, this doesn't seem to be possible [<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/frameatom_spec.html">4</a>].<br>
<br><b>Work around 2 (Tedious):</b><br>Since <i>aniso</i> can take submodels, I import (cannot use nifty MD Movie tool) as sub-models instead of as a trajectory. I can then apply aniso to each submodel, which works as expected, and switch submodels on/off sequentially to make a movie (<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/pipermail/chimera-users/2009-April/003800.html">5</a>). This is not ideal since I'm missing out on the ease of use of the MD Movie tool, and it's very cumbersome to move through a stack of submodels to emulate a trajectory.<br>
<br>Thank you for your time and please help!<br><br>Best,<br>Ryan<br clear="all"><br>-- <br>Ryan M Harrison<br>
Wolfson College<br>
University of Oxford<br><font>NIH-Oxford Graduate Partnership Program</font><br><a href="http://graylab.jhu.edu/%7Eryan/" target="_blank">http://graylab.jhu.edu/~ryan/</a><br><a href="http://www.linkedin.com/in/rmharri" target="_blank">http://www.linkedin.com/in/rmharri</a><br>
<br>