<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">If you <i>do</i> decide to try to implement it yourself, you could write it as a Chimera Python script that creates "pseudobonds" for the struts you need.  You would get a pseudobond group for the struts with this call:<div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>from chimera.misc import getPseudoBondGroup</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">  </span>pbg = getPseudoBondGroup("struts")</div><div><br></div><div>You would then add a pseudobond between atoms a1 and a2 with:</div><div><br></div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">   </span>pbg.newPseudoBond(a1, a2)</div><div><br></div><div>The pseudobonds would be treated the same as all other pseudobonds (e.g. hydrogen bonds, distance monitors) and would appear in Chimera's X3D/STL/VRML output.</div><div><br></div><div>You could ask further scripting questions on this list.</div><div><br></div><div>--Eric<br><div><br><div><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 16px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; -webkit-text-decorations-in-effect: none; text-indent: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; text-transform: none; orphans: 2; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        Eric Pettersen</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        UCSF Computer Graphics Lab</font></div><div style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; "><font face="Helvetica" size="5" style="font: normal normal normal 16px/normal Helvetica; ">                        <a href="http://www.cgl.ucsf.edu">http://www.cgl.ucsf.edu</a></font></div><br class="Apple-interchange-newline"></div></span></div><div>On Apr 19, 2011, at 2:53 PM, Greg Couch wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"> <div text="#000000" bgcolor="#ffffff">    So yes, we are willing to incorporate a strut algorithm into UCSF    Chimera, but right now, that code would need to be written by    someone else.  I suspect that George Phillip's original Python code    would be a better starting point than the Jmol Java code.  Another    good starting point would be the pioneering work done by MSOE that    is given in their RasMol Training Guide, Section III, "Designing a    Model to be Built on the Rapid Prototyping Machines", <a href="http://www.rpc.msoe.edu/cbm/resources/rasmol.php">http://www.rpc.msoe.edu/cbm/resources/rasmol.php</a>.<br>    <br>        -- Greg<br>    <br>    On 04/17/2011 01:18 PM, <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu">moneal@notes.cc.sunysb.edu</a> wrote:    <blockquote cite="mid:OFE29E2FA7.DBB108B6-ON852577D7.00772261-85257875.006F91C4@notes.cc.sunysb.edu" type="cite"><font size="2" face="sans-serif">Hello,</font>      <br>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">We just purchased a Zcorp 650, </font><a moz-do-not-send="true" href="http://www.zcorp.com/en/Products/3D-Printers/ZPrinter-650/spage.aspx"><font size="2" face="sans-serif">http://www.zcorp.com/en/Products/3D-Printers/ZPrinter-650/spage.aspx</font></a><font size="2" face="sans-serif">        and would like to begin building models of proteins. As you        probably know,        when you print a physical model of a protein @ 100,000x scale on        one of        these printers, it is very fragile. To help support the model,        one must        place "Struts" in key locations. </font>      <br>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">We currently use Jmol because it        has        a strut algorithm built into the software. The algorithm is open        source,        written originally by George Phillips and adapted by Bob Hanson        (see email        below). But Stony Brook faculty are begging us to train our        students on        Chimera and not JMol because (not surprisingly) most faculty at        SBU use        Chimera and not JMol.</font>      <br>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">My question: would you be willing        to        incorporate this algorithm into Chimera (or does it already        exist)? This        would allow Chimera to output pdb files that are ready for rapid        prototyping,        a blossoming field: </font><a moz-do-not-send="true" href="http://www.economist.com/node/18114327?story_id=18114327&CFID=162504503&CFTOKEN=65134946"><font size="2" face="sans-serif">http://www.economist.com/node/18114327?story_id=18114327&CFID=162504503&CFTOKEN=65134946</font></a>      <br>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">I look forward to your response,</font>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">Marvin</font>      <br>      <br>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">Marvin H. O'Neal III, Ph.D.<br>        Undergraduate Biology<br>        108 CMM/BLL<br>        Stony Brook University<br>        Stony Brook, NY  11794-5110<br>        Phone: (631) 632-1326<br>        Fax: (631) 632-1680</font>      <br>      <br>      <br>      <font size="3">Sure, why not! It's not my algorithm, though. See </font><a moz-do-not-send="true" href="http://jmol.svn.sourceforge.net/viewvc/jmol/trunk/Jmol/src/org/jmol/modelsetbio/AlphaPolymer.java"><font size="3" color="blue">http://jmol.svn.sourceforge.net/viewvc/jmol/trunk/Jmol/src/org/jmol/modelsetbio/AlphaPolymer.java</font></a><font size="3"><br>        <br>        125     //<br>        126     // Struts calculation (for rapid prototyping)<br>        127     //<br>        128            ///////////////////////////////////////////////////////////<br>        129     /**<br>        130     *<br>        131     * Algorithm of George Phillips </font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:phillips@biochem.wisc.edu"><font size="3" color="blue">phillips@biochem.wisc.edu</font></a><font size="3"><br>        132     *<br>        133     * originally a contribution to pyMol as struts.py;<br>        134     * adapted here by Bob Hanson for Jmol 1/2010<br>        135     *<br>        136     * Return a vector of support posts for rapid prototyping        models<br>        137     * along the lines of George Phillips for Pymol except        on actual molecular<br>        138     * segments (biopolymers), not PDB chains (which        may or may not be<br>        139     * continuous).<br>        <br>        <br>        Bob<br>      </font>      <br>      <font size="3">On Thu, Apr 14, 2011 at 9:57 AM, <</font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu"><font size="3" color="blue">moneal@notes.cc.sunysb.edu</font></a><font size="3">>        wrote:</font>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">Bob,<br>        <br>        I teach introductory biology labs at Stony Brook and use        physical models        to introduce students to research. I have used Ras-Mol but        recently switched        to Chimera. I would like to share your strut algorithm with the        Chimera        group in hopes that they will incorporate it into the software.<br>        <br>        Would you be willing to work with me on this?<br>        <br>        Marvin<br>        <br>        Marvin H. O'Neal III, Ph.D.<br>        Undergraduate Biology<br>        G-05 CMM/BLL<br>        Stony Brook University<br>        Stony Brook, NY 11794-5110<br>        Phone: </font><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28631%29%20632-1326" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">(631)          632-1326</font></a><font size="2" face="sans-serif"><br>        Fax: </font><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28631%29%20632-1680" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">(631)          632-1680</font></a><font size="2" face="sans-serif"><br>      </font><font size="2" color="#a1009f" face="sans-serif"><br>        -----Forwarded by Marvin O'Neal/CAS on 04/14/2011 10:45AM -----</font>      <br>      <font size="2" face="sans-serif">To: </font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">"moneal@notes.cc.sunysb.edu"</font></a><font size="2" face="sans-serif">      </font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif"><moneal@notes.cc.sunysb.edu></font></a><font size="2" face="sans-serif"><br>        From: "Franzen, Margaret" </font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:franzen@msoe.edu" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif"><franzen@msoe.edu></font></a><font size="2" face="sans-serif"><br>        Date: 04/13/2011 01:56PM<br>        Subject: RE: strut algorithm<br>        (See attached file: Bob Hansen.vcf)<br>        <br>      </font><p><a moz-do-not-send="true" name="12f548420460d22e_Bob_Hansen"></a><font size="2" color="#004080" face="sans-serif">Hi,          Marvin!</font>      </p><div><font size="2" color="#004080" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" color="#004080" face="sans-serif">Your earlier          question now          makes sense! Bob Hansen is the Jmol guru who teaches Chemistry          at St. Olaf          – and breathes life into all things Jmol.  His contact is          below:</font>      </p><div><font size="2" color="#004080" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><span><mime-attachment.jpeg></span>      </p><div><font size="2" color="#004080" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" color="#004080" face="sans-serif">Margaret</font>      </p><div><font size="2" color="#004080" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" face="sans-serif">From: </font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">moneal@notes.cc.sunysb.edu</font></a><font size="2" face="sans-serif">          [</font><a moz-do-not-send="true" href="mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">mailto:moneal@notes.cc.sunysb.edu</font></a><font size="2" face="sans-serif">]          <br>          Sent: Wednesday, April 13, 2011 12:51 PM<br>          To: Franzen, Margaret<br>          Subject: RE: strut algorithm</font>      </p><div><font size="2" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" face="sans-serif">Hey Margaret,</font>      </p><div><font size="2" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" face="sans-serif">My question about the Strut          command in          Jmol was specific to the math of the algorithm. I was looking          for          the equation that runs in the background when a student types          this command.          I couldn't find it in the documentation guide.</font>      </p><div><font size="2" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" face="sans-serif">Do you have Bob's email? There          seem to          be several Bob Hanson's on the internet.</font>      </p><div><font size="2" face="sans-serif"> </font>      <br class="webkit-block-placeholder"></div><p><font size="2" face="sans-serif">Marvin<br>          <br>          Marvin H. O'Neal III, Ph.D.<br>          Undergraduate Biology<br>          G-05 CMM/BLL<br>          Stony Brook University<br>          Stony Brook, NY 11794-5110<br>          Phone: </font><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28631%29%20632-1326" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">(631)            632-1326</font></a><font size="2" face="sans-serif"><br>          Fax: </font><a moz-do-not-send="true" href="tel:%28631%29%20632-1680" target="_blank"><font size="2" color="blue" face="sans-serif">(631)            632-1680</font></a>      </p><div>      <br class="webkit-block-placeholder"></div>      <pre wrap=""><fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-dev mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a>
</pre>    </blockquote>    <br>  </div>  _______________________________________________<br>Chimera-dev mailing list<br><a href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br>http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev<br></blockquote></div><br></div><br></body></html>