<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    See the Chimera Programmer's FAQ, question #3, <a
      href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/faq.html#q3">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/ProgrammersGuide/faq.html#q3</a>,
    for how to write a shell script wrapper around a chimera script to
    hide the fact that chimera is running the script instead of python
    and use getopt everywhere.<br>
    <br>
        -- Greg<br>
    <br>
    On 03/15/2011 02:12 PM, Eric Pettersen wrote:
    <blockquote
      cite="mid:C63E1834-BE8D-4642-8FD4-24F4247B3B27@cgl.ucsf.edu"
      type="cite">
      <div>
        <div>On Mar 15, 2011, at 5:37 AM, wascm wrote:</div>
        <br class="Apple-interchange-newline">
        <blockquote type="cite">Dear sir:<br>
          <br>
          Thanks for the detailed reply!<br>
          <br>
          When the following code was added to the start of sciprt:<br>
          <br>
          <i>import chimeraInit<br>
            chimeraInit.init(nogui=True, silent=True)</i><br>
          <br>
          The interpreter print the following confused error: <br>
          <br>
          ---------------------------------------------<br>
          <i>Traceback (most recent call last):<br>
             File "./xx.py", line 5, in <module><br>
             chimeraInit.init(nogui=True, silent=True)<br>
            TypeError: init() takes at least 1 argument (2 given)</i><br>
        </blockquote>
        <div><br>
        </div>
        There was an oversight in the code Greg provided:
         chimeraInit.init takes a mandatory "argv" argument, which is
        exactly like sys.argv.</div>
      <div><br>
        <blockquote type="cite">-----------------------------------------------<br>
          <br>
          it's really easy and convenient to running python script with
          chimera. The reason for i want to run python script
          independently is that i want add some custom command option.
          However, if i run python script with chimera, it's hard for me
          to add some custom command option and handle it in the script
          though getopt module.<br>
          <br>
          For example, when i run some command like this:<br>
          <br>
          chimera –nogui test.py -t test<br>
          <br>
          test.py<br>
          ################### <br>
          #!/usr/bin/python<br>
          <br>
          t=None<br>
          <br>
          try:<br>
              opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "t:")<br>
          except getopt.GetoptError, err: <br>
              pass<br>
          finally: <br>
              for arg_k, arg_v in opts:<br>
                  if (arg_k =="-t"): t=arg_v<br>
          ####################################<br>
          <br>
          This will raise running exception!<br>
          <br>
          is there a way for me to add the coustom option to python
          script and run the script with chimera?</blockquote>
        <br>
      </div>
      <div>Yes.  Use a --script argument, like this:</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>chimera --nogui --script "test.py -t test"</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>--Eric</div>
      <div><br>
      </div>
      <br>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-dev mailing list
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev">http://www.rbvi.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a>
</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>