<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<STYLE type=text/css> <!--@import url(scrollbar.css); --></STYLE>

<META content="text/html; charset=utf-8" http-equiv=Content-Type>
<STYLE>BLOCKQUOTE{margin-Top: 0px; margin-Bottom: 0px; margin-Left: 2em};                         OL, UL{margin-Top: 0px; margin-Bottom: 0px};                            p{margin-Top:0em; margin-Bottom:0px; padding:0px;};             </STYLE>

<META name=GENERATOR content="MSHTML 8.00.7600.16722"><BASE 
target=_blank></HEAD>
<BODY 
style="LINE-HEIGHT: 1.3; BORDER-RIGHT-WIDTH: 0px; MARGIN: 12px; BORDER-TOP-WIDTH: 0px; BORDER-BOTTOM-WIDTH: 0px; BORDER-LEFT-WIDTH: 0px" 
marginheight="0" marginwidth="0">
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman">
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Dear sir:</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><?xml:namespace 
prefix = o ns = "urn:schemas-microsoft-com:office:office" /><o:p><FONT size=3 
face=Calibri> </FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Your suggestions do work well! The problems have been resolved well 
by your help. </FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT 
size=3 face=Calibri> </FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Thank you very much!</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT 
size=3 face=Calibri> </FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Best Wishes</FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><o:p><FONT 
size=3 face=Calibri> </FONT></o:p></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri>Tao Cui </FONT></SPAN></P>
<P style="MARGIN: 0cm 0cm 0pt" class=MsoNormal><SPAN lang=EN-US><FONT size=3 
face=Calibri></FONT></SPAN> </P></FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman">
<HR>
</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman"><STRONG>From:</STRONG>Eric 
Pettersen</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 
face="Times New Roman"><STRONG>Date:</STRONG>2011-03-16 05:12</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman"><STRONG>Subject:</STRONG>Re: 
[chimera-dev] [Chimera-users] error: from DockPrep import prep</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman"><STRONG>To:</STRONG>wascm</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman"><STRONG>Cc:</STRONG>Greg 
Couch,chimera-dev BB,UCSF Chimera Mailing List</FONT></DIV>
<DIV><FONT size=2 face="Times New Roman"></FONT> </DIV>
<DIV>
<DIV>
<DIV>On Mar 15, 2011, at 5:37 AM, wascm wrote:</DIV><BR 
class=Apple-interchange-newline>
<BLOCKQUOTE type="cite">Dear sir:<BR><BR>Thanks for the detailed 
  reply!<BR><BR>When the following code was added to the start of 
  sciprt:<BR><BR><I>import chimeraInit<BR>chimeraInit.init(nogui=True, 
  silent=True)</I><BR><BR>The interpreter print the following confused error: 
  <BR><BR>---------------------------------------------<BR><I>Traceback (most 
  recent call last):<BR> File "./xx.py", line 5, in 
  <module><BR> chimeraInit.init(nogui=True, 
  silent=True)<BR>TypeError: init() takes at least 1 argument (2 
given)</I><BR></BLOCKQUOTE>
<DIV><BR></DIV>There was an oversight in the code Greg provided: 
 chimeraInit.init takes a mandatory "argv" argument, which is exactly like 
sys.argv.</DIV>
<DIV><BR>
<BLOCKQUOTE 
  type="cite">-----------------------------------------------<BR><BR>it's really 
  easy and convenient to running python script with chimera. The reason for i 
  want to run python script independently is that i want add some custom command 
  option. However, if i run python script with chimera, it's hard for me to add 
  some custom command option and handle it in the script though getopt 
  module.<BR><BR>For example, when i run some command like this:<BR><BR>chimera 
  â€“nogui test.py -t test<BR><BR>test.py<BR>################### 
  <BR>#!/usr/bin/python<BR><BR>t=None<BR><BR>try:<BR>    opts, 
  args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "t:")<BR>except getopt.GetoptError, err: 
  <BR>    pass<BR>finally: <BR>    for arg_k, 
  arg_v in opts:<BR>        if (arg_k =="-t"): 
  t=arg_v<BR>####################################<BR><BR>This will raise running 
  exception!<BR><BR>is there a way for me to add the coustom option to python 
  script and run the script with chimera?</BLOCKQUOTE><BR></DIV>
<DIV>Yes.  Use a --script argument, like this:</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>chimera --nogui --script "test.py -t test"</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>--Eric</DIV>
<DIV><BR></DIV><BR></DIV></BODY></HTML>