<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=x-gbk" http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#ffffff">
    (This is really a <a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:chimera-dev@cgl.ucsf.edu">chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a> mailing list question.)<br>
    <br>
    My guess is that your problem is that chimeraInit.init() was never
    called, so the chimera internals were never set up.  So in the
    beginning of your Python script, add:<br>
    <br>
        import chimeraInit<br>
        chimeraInit.init(nogui=True, silent=True)<br>
    <br>
    before using chimera's modules.<br>
    <br>
    But, in general, you would be better off running those python
    scripts with chimera.  For example:<br>
    <br>
        % chimera --nogui --silent script.py<br>
    <br>
    That would set up the the appropriate environment for chimera,
    execute the python script, and exit.  And you would be protected
    against any future changes in how chimera is initialized.<br>
    <br>
    If you want to use other Python modules with chimera, set your
    CHIMERAPATH environment variable with a list of directories that
    hold the Python modules (same syntax as PYTHONPATH, but just for
    chimera).<br>
    <br>
    If you want to install other Python packages into chimera's Python
    that have a setup.py file, use:<br>
    <br>
        % chimera --nogui --silent setup.py install<br>
    <br>
    It is also possible to make easy_install work with chimera by
    temporarily putting chimera's bin directory on your path and running
    the appropriate egg (see <a
      href="http://pypi.python.org/pypi/setuptools">http://pypi.python.org/pypi/setuptools</a>
    for details).  Right now, chimera is using Python 2.7.<br>
    <br>
        HTH,<br>
    <br>
        Greg<br>
    <br>
    On 03/10/2011 09:34 PM, wascm wrote:
    <blockquote
      cite="mid:6b19481b.5775.12ea3685a68.Coremail.wascm@126.com"
      type="cite">Dir sir<br>
      <br>
      I try to write a indenpendent python script and run it from
      command line<br>
      <br>
      some global variables was first set:<br>
      <br>
        export LD_LIBRARY_PATH=/home/wascm/chimera/lib:$LD_LIBRARY_PATH<br>
        export
      PYTHONPATH=/home/wascm/chimera/share:/home/wascm/chimera/lib:$PYTHONPATH<br>
        export CHIMERA=/home/wascm/chimera<br>
      <br>
      the script work well when import following module<br>
          import chimera<br>
          from chimera import runCommand, openModels, MSMSModel<br>
          from WriteMol2 import writeMol2<br>
          from WriteDMS import writeDMS<br>
      however, when add the code:<br>
         from DockPrep import prep<br>
      <br>
      the error information as follows:<br>
      #######################################<br>
      Traceback (most recent call last):<br>
        File "./xx.py", line 12, in <module><br>
          from DockPrep import prep<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/DockPrep/__init__.py", line 15!
      , in <module><br>
          from prefs import prefs, defaults, INCOMPLETE_SC,
      MEMORIZED_SETTINGS<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/DockPrep/prefs.py", line 13, in
      <module><br>
          from Rotamers.prefs import defaults as rotamerDefaults<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/Rotamers/__init__.py", line 574,
      in <module><br>
          from prefs import defaults, CLASH_METHOD, CLASH_THRESHOLD,
      HBOND_ALLOWANCE<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/Rotamers/prefs.py", line 13, in
      <module><br>
          from DetectClash.prefs import CLASH_THRESHOLD,
      HBOND_ALLOWANCE, PB_COLOR, \<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/DetectClash/__init__.py", line
      157, in <module><br>
          val = getColorByName(val)<br>
        File "/home/wascm/chimera/share/chimera/colorTable.py", line 87,
      in getColorByName<br>
          color = chimera.MaterialColor(r/255.0, g/255.0, b/255.0)<br>
      ValueError: mis! sing default material<br>
      #################################################<br>
      <br>
      how can i solve this problem?<br>
      <br>
      best wishes<br>
      <br>
      Tao Cui <br>
      <br>
      <span title="neteasefooter"><span id="netease_mail_footer"></span></span>
      <pre wrap="">
<fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
_______________________________________________
Chimera-users mailing list
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</pre>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>