Hello,<br><br>I used :/!isHet for the "spec" option for "minimize" and I'm still getting "Unable to find GAFF type for #0:155.A@FE " for 101M. I thought this would skip the heme, but I guess not. How can I avoid this error?<br>
<br>Thanks again!<br><br>Alex<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jul 14, 2009 at 5:07 PM, Elaine Meng <span dir="ltr"><<a href="mailto:meng@cgl.ucsf.edu">meng@cgl.ucsf.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi Alex,<br>
If by standard you mean non-HETATM, then you could use Chimera command<br>
<br>
select ~ :/isHet<br>
<br>
or for protein and nucleic acid molecules only,<br>
<br>
select protein | nucleic acid<br>
<br>
If you mean "residues that are in the amber parm file and thus don't require running antechamber"  I don't know of a command-line specifier for exactly that, although the above may work in many cases.  However, if you use minimize with the nogui option, it can handle those nonstandard residues without raising a dialog, as described in the "minimize" page:<br>

<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/midas/minimize.html</a>><br>
<br>
For your hydrogen question, if you mean you want to allow only hydrogens to move, yes, that general approach will work.  Be aware that the command you showed, however, selects only atoms named H, which for proteins are just the amide hydrogens.  If you want to select all atoms of element H, it would be<br>

<br>
select H<br>
<br>
or if you want to select only polar (thus possibly H-bonding) hydrogen atoms, it would be<br>
<br>
select @/idatmType=H<br>
<br>
(type HC is hydrogens bonded to C, type H is all the other hydrogens)  Atom type descriptions:<br>
<<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/idatm.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/idatm.html</a>><br>
<br>
I don't know what is going on with the missing object error.  Certainly it does not occur every time DockPrep deletes atoms, and it probably depends on something specific in the structure you are working with.<br>
<br>
I hope this helps,<br>
Elaine<br>
-----<br>
Elaine C. Meng, Ph.D.<br>
UCSF Computer Graphics Lab (Chimera team) and Babbitt Lab<br>
Department of Pharmaceutical Chemistry<br>
University of California, San Francisco<br>
                     <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/home/meng/index.html</a><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
On Jul 13, 2009, at 5:29 PM, Alex Gawronski wrote:<br>
<br>
</div></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Hello,<br>
Is there a way to select only standard residues with the "select" command?<br>
<br>
I was also wondering if this would work to minimize only H bonds:<br>
runCommand('select @H')<br>
runCommand('minimize freeze unselected nogui true')<br>
<br>
If not, how can it be done? When I try the inverse (selecting everything before Hs are added), I get "ValueError: underlying C++ Atom object is missing", which I assume occurs because atoms are removed by Dock Prep.<br>

<br>
Thanks in advance!<br>
<br>
Alex Gawronski<br>
Carleton University<br></div></div>
_______________________________________________<br>
Chimera-dev mailing list<br>
<a href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu" target="_blank">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br>
<a href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev" target="_blank">http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a><br>
</blockquote>
<br>
</blockquote></div><br>