<p>Hello,<br /><br />Is there a way to select only standard residues with the "select" command? <br /><br />I was also wondering if this would work to minimize only H bonds:<br />runCommand('select @H')<br />runCommand('minimize freeze unselected nogui true') <br /> <br />If not, how can it be done? When I try the inverse (selecting everything before Hs are added), I get "ValueError: underlying C++ Atom object is missing", which I assume occurs because atoms are removed by Dock Prep. <br /> <br />Thanks in advance!<br /><font color="#888888"><br /></font><font>Alex Gawronski<br />Carleton University </font></p>