Greg, First, thank you very much for your help. As your told me, it was a problem with environment variables. Eclipse works now!! and it is easier than I thought. I'll try to explain the way I did it, but sorry about my bad english, I hope you understand what I say.

1)Eclipse: Window (menu) > Preferences...    I seted Python interpreter: ...\chimera\bin\python.exe    Then I included chimera "share" directory in PYTHONPATH option.    Then choose apply and ok.

2)Once I have created a new project, and a new python file or module was created:   Go to the Run As (menu option) clicking with right mouse button on the python module.   Then select Run ... option and select your file in the Python Run (subtree).

<br>  Select Enviroment (tab) and mark option "Replace native environment with especified environment. I THINK THAT IS  KEY STEP...<br> (Finally you could go to the Refresh tab and apply it to the entire workspace).<br>

<br>Well, I think it should works for everybody running Windows or Linux.<br><br>Thank you so much we keep in contact.<br><br>Javi.<br><br><br><div><span class="gmail_quote">On 10/2/06, <b class="gmail_sendername">Greg Couch

</b> <<a href="mailto:gregc@cgl.ucsf.edu">gregc@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">We haven't used eclipse with chimera, but we will work with you to get it

<br>to work.  When it does work, please send what you had to do back to the<br>chimera-dev list.<br><br>First an aside for non-eclipse users and maybe this would work in eclipse<br>too -- you can use Python's help facility to find out more about chimera

<br>internals: in an IDLE window, typing:<br><br>         help(chimera.Point)<br><br>will give you a lot information about the Point API.  Since Point is<br>implemented in C++, you only get the type information for the arguments

<br>and the return value, but that information, coupled with the name of the<br>method, tell you a lot.<br><br>Back to eclipse, the chimera program sets up several environment variables<br>before invoking python.  On Linux, it is a shell script and you can see

<br>everything it does.  On Windows, it's basically the same:<br><br>        (1) set the CHIMERA environment variable to the actual path of the<br>                chimera install tree (so without any symbolic links).<br>        (2) make sure CHIMERA/bin is in the PATH environment

<br>        (3) defensively remove the PYTHONHOME and PYTHONPATH environment<br>                variables so we don't get packages compiled for a<br>                different version of python (e.g, the system one)<br>        (4) copy CHIMERPATH environment variable to the PYTHONPATH one

<br>        (5) set Tcl environment variables:<br>                TCL_LIBRARY is CHIMERA\lib\tcl8.4<br>                TCLLIBPATH is {CHIMERA\lib}<br>        (6) unset TK_LIBRARY and TIX_LIBRARY environment variables<br><br>

Unix systems replace step 2 with one that set the environment variable for<br>finding shared libaries, ie., LD_LIBRARY_PATH or DYLD_LIBRARY_PATH or ...<br>to CHIMERA/lib.  On OS X, we also set the DYLD_FRAMEWORK_PATH.<br>

<br>        Good luck,<br><br>        Greg Couch<br>        UCSF Computer Graphics Lab<br><br>On Mon, 2 Oct 2006, Javier Díez wrote:<br><br>> Date: Mon, 2 Oct 2006 20:38:53 +0200<br>> From: "[ISO-8859-1] Javier Díez" <

<a href="mailto:jdiezperezj@gmail.com">jdiezperezj@gmail.com</a>><br>> To: Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>><br>> Cc: <a href="mailto:chimera-dev@cgl.ucsf.edu">chimera-dev@cgl.ucsf.edu

</a> > Subject: Re: [chimera-dev] chimera import > > Hi again, > Thank you for your comments. From now I will never use the import > construction I wrote above. > But I have got another question.

<br>> Well, I'm using Eclipse and PyDev Extensions, and I seted the Eclipse Python<br>> interpreter option using the Python version included in Chimera.<br>> I also included the "share" in the Eclipse, PyDev PYTHONPATH, but it doesn't

<br>> works.<br>> I thought it could work, but it doesn't.<br>> I prefer Eclipse (because it is the enviroment  I'm used to work with) to<br>> the IDLE provided by Chimera.<br>> Thank you any way.<br>> Javi

<br>><br>> On 10/2/06, Eric Pettersen <<a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a>> wrote:<br>>><br>>> Tom Goddard's comments are exactly correct, I just want to add some<br>>> advice.  If anyone else will be working on your code, you should try to

<br>>> avoid the "from module_name import *" construct because it makes it more<br>>> difficult to find the place where a class is defined.  Say for example you<br>>> use a Point object in your code.  A person trying to find the definition

<br>>> for<br>>> Point first has to look through the file using Point to see if it's defined<br>>> there, then through each module from which you've imported "*" to look for<br>>> it.  It is better to import just the names you are going to use, something

<br>>> like:  "from chimera import Point, openModels, Molecule".  That statement<br>>> makes it clear where the definition of Point is going to be found.<br>>> The other thing is that the "chimera" module imports all the names from

<br>>> _chimera, so typically you import from chimera rather than _chimera.  I<br>>> know<br>>> that the chimera uses the "from _chimera import *" construct, which seems<br>>> somewhat hypocritical given the advice above, but it is being used to make

<br>>> C++ classes/functions that "logically" belong in the chimera module<br>>> available.<br>>><br>>> --Eric<br>>><br>>>                         Eric Pettersen<br>>><br>

>>                         UCSF Computer Graphics Lab<br>>><br>>>                         <a href="mailto:pett@cgl.ucsf.edu">pett@cgl.ucsf.edu</a><br>>><br>>>                         <a href="http://www.cgl.ucsf.edu">

http://www.cgl.ucsf.edu</a><br>>><br>>><br>>> On Oct 2, 2006, at 5:44 AM, Javier Díez wrote:<br>>><br>>> Hy,<br>>> I've just started working on a Chimera extension.<br>>> I've tried to import chimera after setting up the CHIMERA os variable, but

<br>>> it gives me this erro message:<br>>> ***from _chimera import *<br>>> ImportError: No module named _chimera<br>>> *Some help?<br>>> Thank you.<br>>> Javi<br>>> *<br>>> *

<br>>> _______________________________________________<br>>> Chimera-dev mailing list<br>>> <a href="mailto:Chimera-dev@cgl.ucsf.edu">Chimera-dev@cgl.ucsf.edu</a><br>>> <a href="http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev">

http://www.cgl.ucsf.edu/mailman/listinfo/chimera-dev</a><br>>><br>>><br>>><br>><br></blockquote></div><br>